В соответствии с пунктом 1 статьи 322 Налогового кодекса доходами работника, подлежащими налогообложению, являются следующие доходы, начисленные работодателем, являющимся налоговым агентом, и признанные, в том числе в бухгалтерском учете работодателя, в качестве расходов (затрат) в соответствии с законодательством Республики Казахстан о бухгалтерском учете и финансовой отчетности:

     1) подлежащие передаче работодателем работнику в собственность деньги в наличной и (или) безналичной формах в связи с наличием трудовых отношений;

      2) доходы работника в натуральной форме в соответствии со статьей 323 настоящего Кодекса;

      3) доходы работника в виде материальной выгоды в соответствии со статьей 324 настоящего Кодекса.

Согласно  пункта 1 статьи 350 Налогового кодекса  исчисление, удержание и уплата в бюджет индивидуального подоходного налога осуществляются у источника выплаты налоговым агентом по доходам, указанным в подпунктах 1) – 12) и 17) статьи 321 настоящего Кодекса, в случае, если такие доходы подлежат выплате (выплачиваются) указанным налоговым агентом.

В соответствии с пунктом 1 статьи 351 Налогового кодекса   исчисление индивидуального подоходного налога по доходам, подлежащим налогообложению у источника выплаты, производится налоговым агентом при начислении дохода, подлежащего налогообложению.

В связи с вышеизложенным исчисление ИПН производится с общей суммы начисления.