Все виды налоговых вычетов, на которые имеет право физическое лицо, установлены  пунктом 1 статьи 342 Кодекса Республики Казахстан от 25 декабря 2017 года № 120-VI ЗРК «О налогах и других обязательных платежах в бюджет (Налоговый кодекс)» в редакции статьи 33 Закона Республики Казахстан «О введении Налогового кодекса». Налоговый вычет на медицину применяется по расходам на оплату медицинских услуг (кроме косметологических).

При этом, налоговые вычеты применяются при исчислении индивидуального подоходного налога по совокупной сумме доходов, подлежащих налогообложению физическим лицом самостоятельно, в случае, если указанные вычеты не были произведены при определении дохода работника. Таким образом, материальная помощь облагается ИПН в соответствии с главой 38 Налогового кодекса. В связи с вышеизложенным материальная помощь облагается ИПН совокупно с заработной платой ( 100 000 + 50 000).

В соответствии с пунктом 1 статьи 343 Налогового кодекса налоговые вычеты, за исключением налогового вычета в виде обязательных пенсионных взносов и налогового вычета по пенсионным выплатам, указанного в пункте 1 статьи 345 настоящего Кодекса, применяются налоговым агентом у источника выплаты на основании:

      1) заявления физического лица о применении налоговых вычетов;

      2) копий подтверждающих документов. Такие копии хранятся у налогового агента в течение срока исковой давности, установленного пунктом 2 статьи 48 настоящего Кодекса.

В соответствии с пунктом 4 статьи 348  Налогового кодекса подтверждающими документами для применения налогового вычета на медицину являются:

      1) договор на оказание платных медицинских услуг с выделением стоимости медицинских услуг – в случае его заключения в письменной форме;

      2) выписка, содержащая информацию о стоимости медицинских услуг;

      3) документ, подтверждающий факт оплаты медицинских услуг.

Таким образом, для проведения налогового вычета на медицину работник должен представить налоговому агенту заявление о применении вычета (до 2020 года в произвольной форме)  и вышеуказанные подтверждающие документы.

Согласно пункта 5 статьи 342 Налогового кодекса налоговые вычеты применяются последовательно в том порядке, в котором они отражены в пункте 1 статьи 342 Налогового кодекса.

Таким образом, в Вашем случае расчет ИПН будет следующий:

 150 000 – 15 000 (ОПВ) – 42 500 (стандартный вычет в размере 1 МЗП) – вычет на медицину (расходы на оплату медицинских услуг (кроме косметологических)  * 10%.

В тоже время в соответствии с подпунктом 18 пункта 1 статьи 341 Налогового кодекса из доходов физического лица, подлежащих налогообложению, исключаются следующие виды доходов (далее – корректировка дохода):…

выплаты в пределах 94-кратного размера месячного расчетного показателя, установленного законом о республиканском бюджете и действующего на 1 января соответствующего финансового года, по каждому виду выплат, произведенные налоговым агентом в течение календарного года:  для покрытия расходов физического лица на медицинские услуги (кроме косметологических) – при предоставлении физическим лицом документов, подтверждающих получение медицинских услуг (кроме косметологических) и фактические расходы на их оплату, или расходов работодателя на уплату в пользу работника страховых премий по договорам добровольного страхования на случай болезни – при наличии договора добровольного страхования на случай болезни и документа, подтверждающего уплату страховых премий по договору добровольного страхования на случай болезни;…

В этом случае,  если налоговый агент произвел выплату работнику денежные средства (к примеру, в Вашем письме обозначено как материальная помощь) для покрытия расходов физического лица на медицинские услуги (кроме косметологических), то данная выплата исключается из дохода работника, подлежащего налогообложению при предоставлении физическим лицом документов, подтверждающих получение медицинских услуг (кроме косметологических) и фактические расходы на их оплату.

Вывод: для применения льготы установленной подпунктом 18 пункта 1 статьи 341 Налогового кодекса для исключения из дохода работника выплат  для покрытия расходов физического лица на медицинские услуги (кроме косметологических), то физические лица должны представить документы, подтверждающие получение медицинских услуг (кроме косметологических) и фактические расходы на их оплату.  Для применения налоговых вычетов на медицину работники представить заявление и подтверждающие документы указанные в пункте 4 статьи 348 Налогового кодекса.

Льгота, установленная подпунктом 18 пункта 1 статьи 341 Налогового кодекса распространяется также

-на социальный налог (смотрите пункт 3 статьи 484 Налогового кодекса), 

-на ОСМС (смотрите пункт 4 статьи 29 Закона Республики Казахстан от 16 ноября 2015 года № 405-V ЗРК «Об обязательном социальном медицинском страховании»),

-на СО (смотрите пункт 5 Постановления  Правительства Республики Казахстан от 21 июня 2004 года № 683 «Об утверждении Правил исчисления и перечисления социальных отчислений»), 

-на ОПВ и ОППВ  (смотрите пункт 6 Постановление Правительства Республики Казахстан от 18 октября 2013 года № 1116 «Об утверждении Правил и сроков исчисления, удержания (начисления) и перечисления обязательных пенсионных взносов, обязательных профессиональных пенсионных взносов в единый накопительный пенсионный фонд и взысканий по ним»).