Данная ошибка возникает по причине того, что при выписке дополнительной счет-фактуры были внесены изменения дополнительной счет-фактуры были внесены изменения в разделы кроме разделов G и  H, F. Согласно Правилам, при выписке дополнительной счет-фактуры к основной, в дополнительной счет-фактуре к изменениям подлежат лишь данные разделов G и  H, F. Просим проверить внимательно все ли данные других разделов совпадают с данными основной счет-фактуры (вплоть до знаков и пробелов). В разделах G, H, F количество позиций должно совпадать с количеством позиций основной счет-фактуры.
Просим Вас воспользоваться ресурсом для сравнения текстовых файлов (например, https://www.diffnow.com/). Выгрузите Основной и Дополнительный СФ  в формате xml на подобный ресурс, где после проверки Вы увидите, в чем именно идет различие между данными СФ.

Служба поддержки  ИС ЭСФ