В связи со вступлением Республики Казахстан в ВТО, был подписан Протокол о некоторых вопросах ввоза и обращения товаров на таможенную территорию ЕАЭС (далее Протокол), а также  утвержден Регламент взаимодействия должностных лиц органов государственных доходов при заверении в качестве товаросопроводительного документа копий деклараций на товары и электронных счетов-фактур.
      Решением Совета Евразийской экономической комиссии от 14 октября 2015 года №59 утвержден Перечень товаров (далее – Товаров изъятия), по которым применяются пониженные ставки таможенных платежей. Данный Перечень опубликован на сайте kgd. gov.kz       
      В целях реализации Протокола и для  исполнения обязательств по Протоколу РК на базе действующей информационной системы «Электронный счет-фактура» создана система учета товаров, с выполнением следующих условий:
     При ввозе товаров на территорию РК:
     Обязательное требование по оформлению двух видов таможенных деклараций:
- с уплатой пошлины по ставке ЕТТ ЕАЭС с признаком «0» в номере декларации;
- с уплатой пошлины по ставке ВТО с признаком «1» в номере декларации.
     При реализации товаров из Перечня (как в Казахстане, так и при экспорте):
- ввезенных с третьих стран, обязательное оформление ЭСФ с указанием номера декларации на товары;
- ввезенных с территории государств-членов ЕАЭС, обязательное оформление ЭСФ с указанием номера заявления о ввозе товаров и уплате косвенных налогов (Заявление);
- произведенных в Казахстане, оформление ЭСФ с указанием номера сертификата происхождения товара (СТ-1)/СТ-KZ.
     Вместе с тем, в соответствии с Решением Евразийского Межправительственного Совета от 12.08.2016 г. № 5 при перемещении с территории Республики Казахстан на территории других государств-членов ЕАЭС  товаров, входящих в Перечень, в качестве товаросопроводительного документа признается бумажная копия электронного счета-фактуры, которая  заверяется печатью органа Комитета государственных доходов МФ РК, а также сопровождается одним из следующих документов:
     копия таможенной декларации, заверенная печатью Органом государственного дохода МФ РК – при перемещении товаров, ранее ввезенных из третьих стран по ставкам ЕТТ ЕАЭС;
    оригинал сертификата о происхождении товаров формы СТ-1 – при перемещении товаров, произведенных на территории РК;
    оригинал сертификата о происхождении товаров формы СТ-KZ – при перемещении товаров, произведенных на территориях свободной экономической зоны и свободных складов;
    копия заявления о ввозе товаров и уплате косвенных налогов – при перемещении товаров, ранее везенных из других государств-членов ЕАЭС.
     При этом напоминаем, что в настоящее время налоговым органом   Российской Федерации ведется работа по подготовке  соответствующего нормативного правового акта, устанавливающего применение уничтожения товаров изъятия, без наличия вышеуказанных документов.
      Также согласно Закона РК 26-VI ЗРК от 30.11.2016г. внесены изменения и дополнения в Кодекс РК «О налогах и обязательных платежах в бюджет» в частности в п.2 ст. 263 Налогового кодекса Республики Казахстан согласно которого  счет – фактуру в электронной форме обязаны выписывать:
2) налогоплательщики в случаях, предусмотренных нормативными правовыми актами Республики Казахстан, принятыми в реализацию международных договоров, ратифицированных Республикой Казахстан т.е налогоплательщики осуществляющие реализацию товаров изъятия.
     Также доводим до Вашего сведения, что в соответствии данных условии  Протокола, Товары, которые прошли таможенную очистку с уплатой по пониженным ставкам ввозных таможенных пошлин (ставки ВТО)  будут являться условно выпущенными и их вывоз в государства-члены ЕАЭС запрещен.