На услуги ЭСФ выписывается без СНТ.

По услугам по доставке груза физическому лицу, то нужно смотреть условия договора, если ФЛ ввозит такой товар на территорию РК, то  ФЛ имеет возможность оформить СНТ в системе и передать Вам для того, чтобы Вы могли предъявлять ее на границе. 

Если же Вы оказываете услуги под ключ, то Вы сами (включаете все расходы, в т.ч. по уплате налоговых обязательств в цену), то Вы сами оформляете СНТ при ввозе первичную и затем СНТ на реализацию.  Можно выписывать всем ФЛ без идентификации в 1 СНТ.