В импортированном Вами ранее xml-файле Основного ЭСФ значения полей единица измерения (тег unitNomenclature) содержали буквенные значения. Поэтому при отображении данного ЭСФ на портале поля единицы измерения отсутствуют, что не является ошибкой, так как при распечатке, данные поля корректно отображаются.
Но это препятствует выписке Дополнительных ЭСФ.
Вам необходимо выписать на Основной ЭСФ Исправленный ЭСФ на портале с корректными значениями поля единица измерения. И уже после, на Исправленный ЭСФ выписывать Дополнительный ЭСФ.
Если у Вас имеется возможность отправки Дополнительного ЭСФ посредством импорта ЭСФ или путем прямой отправки ЭСФ через api-интеграцию, то Вам необходимо указать в поле "Ед.измерения" те же значения (аналогичные), что были указаны в Основном счете-фактуры.
При импорте данные будут отображаться только в случае, если в поле единица измерения в xml-файле будут содержаться цифровые значения единиц измерения согласно справочнику МКЕИ (Международный классификатор единиц измерения). 
Вам необходимо настроить данный справочник в вашей ERP-системе. Спровочник МКЕИ  находится в комплект разработчика на сайте КГД МФ РК: http://kgd.gov.kz/ru/content/api-interfeys-web-prilozheniya-elektronnye-sheta-faktury-1, либо Вы можете выгрузить актуальный справочник из Систем.

Служба поддержки ИС ЭСФ