Наличие регистрации ФЛ/ИП не мешает для регистрации Юридического лица. Соответственно, Вы  сможете пройти регистрацию в качестве ЮЛ, однако при регистрации, на этапе "Шаг-2" - Регистрационные данные"  в поле "Пароль" Вам необходимо вводить пароль, который был ввден при регистрации в качестве ФЛ/ИП.
Если Вы не помните пароль от существующего  профиля, то для восстановления доступа: 
1. Необходимо сменить адрес электронной почты. В поле логин вписывается  ИИН руководителя, в поле e-mail вписывается новый адрес почты (к которой у вас есть доступ). Подписываете действия сертификатом подписи (RSA либо GOST).
2. Осуществляете смену пароля для входа в систему https://esf.gov.kz:8443/esf-web/login/#!/reset-password
Логином выступает ИИН руководителя, в поле e-mail вписывается новый адрес почты (уже новый, на который вы поменяли). На данную почту придет ссылка по смене пароля. Вы копируете ее и вставляете в браузер.
Два раза вводите новый пароль. Нажмите Отправитель. Далее также подписываете действия сертификатом подписи (RSA либо GOST).

Информационная система
по приему и обработке ЭСФ